Equipe Aqua é um grupo de ladrões/pacificadores na região Hoenn. Se especializam em Pokémon de água e noturnos (sinistros ou sombrios).
A base da Equipe Aqua é um submarino nuclear gigante fora do mar, com um helicóptero para viajar por mar e terra. Os membros da equipe usam camisas brancas com raias horizontais pretas e jeans. Seu lenço tem uma letra "A" desenhada com forma de ossos (como os das bandeiras piratas). Como a Equipe Magma, a Equipe Aqua é dirigido por uma rude Comandante. Shelly (Izumi na versão japonesa) é referida como a Líder da Equipe Aqua, mesmo que o atual líder é Archie